Спасская церковь является самым старым каменным сооружением Иркутска. Первая деревянная церковь была заложена в 1672 г. в центре Иркутского острога. В 1706 г. заложили каменное здание на месте юго-восточной башни кремля. За свою историю храм неоднократно перестраивался. Уникальность церкви состоит еще и в том, что расписана она была не только изнутри, но и снаружи
В 1931 г. Спасскую церковь закрыли. В советское время в ней располагались и многочисленные организации, и коммунальные квартиры, и даже сапожная мастерская. Это безобразие длилось вплоть до 1960 г., когда было принято решение о признании здания памятником республиканского значения. В 1968 г. началась реставрация, и в 1982 году в Спасской церкви открылся выставочный отдел Иркутского областного краеведческого музея.
В 2006 г. в Иркутске состоялось празднование 300-летия Спасской церкви, и к радости православных христиан, храм был передан Иркутской епархии.